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大发平台2023-07-31

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提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

  近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。

  全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

  统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

  相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

  该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

  与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。

  该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

 

古城同安 “泉”是温暖******

  (新春走基层)古城同安 “泉”是温暖

  中新网厦门1月17日电 (记者 杨伏山)迄今已有两千余年历史的古城厦门同安,新春焕发华彩:17日,“走起同安·‘泉’是温暖”首届同安温泉养生季活动启动。

  当天,记者来到同安盛之乡温泉度假村,现场感受寒冷的冬季里同安温泉给人们带来的融融暖意。

  在寒冷的冬季里,泡温泉成了厦门市民和游客们周末假期休闲度假的好选择。温泉历史悠久的古城同安,开启“温泉+旅游”新模式,让人们在多样玩法的泡汤池享受回归自然的舒心体验。

  本次活动由同安区委宣传部、同安区文旅局、工信局、同安区委乡村振兴办、同安区汀溪镇政府携手主办。

图为“泉”是温暖系列活动之一的美食狂欢节现场。 同安区文旅局供图图为“泉”是温暖系列活动之一的美食狂欢节现场。 同安区文旅局供图

  主办方介绍说,本届同安温泉养生季将轮番上演各种精彩活动,涵盖温泉、美食、酒店、民宿、集市、民俗、音乐、潮流、时尚等。

  温泉养生季活动将同安区盛之乡温泉度假村、汤里温泉、金穗园温泉酒店、银丰温泉、98号温泉等多家优质温泉景区加以整合串联,并把同安的精华景点串珠成链,精心设计推出4条温泉主题产品线路,覆盖同安各主要温泉康养资源和景点,涵盖名山美景、休闲乡村、浪漫滨海、亲子乐园等特色文旅资源。

  由福建旅游达人、厦门及周边城市旅行社代表、文旅企业代表和媒体代表等组成的“百人踩线团”,赴盛之乡温泉度假村亲身体验同安特色温泉康养旅游。

  除了“‘泉’是温暖”踩线活动,“‘泉’是惊喜”带货直播、“‘泉’是美味”美食狂欢节、“‘泉’是精彩”闭幕盛典等一系列精彩主题活动,共同串联起本次同安温泉养生季,让民众热热闹闹开启新年。(完)

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